پدینگتون تصمیم می‌گیرد به همراه خانواده براون برای دیدن عمه لوسی که اکنون در خانه خرس‌های بازنشسته اقامت دارد، به کشور پرو سفر کند. اما در این میان وجود یک راز مهم، آن‌ها را به سمت یک ماجراجویی هیجان‌انگیز در جنگل‌های بارانی آمازون و کوه‌های پرو هدایت می‌کند و…

داستان این فیلم جذاب درباره "ویلی وانکای" جوان می‌باشد که مملو از ایده های مختلف و مصمم به تغییر جهان به مکانی دلپذیر است. این فیلم داستان شگفت‌انگیزی را روایت می‌کند که چگونه بزرگترین مخترع، شعبده‌باز و شکلات‌ساز جهان، به ویلی وانکای محبوبی تبدیل شد که امروز می‌شناسیم و ...

پدینگتون که توانسته است پس از گذراندن ماجراهای قسمت اول در خانواده‌ی براون جایگاهی برای خودش پیدا کند ، اکنون در تلاش هست تا با انجام دادن شغل‌های مختلف پولی پس‌انداز کند تا هدیه‌ای ویژه برای جشن تولد 100 سالگی عمه‌اش بتواند بخرد. اما…

خرسی در جستجوی خانه­ ای برای خود، به لندن سفر می ­کند. اما بعد از گم شدن و تنها ماندن در ایستگاه پدینگتون ، با خانواده ی مهربان براون ، که بهشتِ موقتی را به او عرضه می­ کنند ، آشنا می‌شود و …